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【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

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☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。

dotplot这个函数,多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道

同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

最难的开发语言

第十名、R语言

R语言,一种自由软件编程语言与操作环境,主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R基于S语言的一个GNU计划项目,所以也可以当作S语言的一种实现,通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。R的语法是来自Scheme。

提名词

R语言作者,George Ross Ihaka:在奥克兰大学统计系任副教授,是R语言的最初作者。

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第九名、Python

颁奖词

Python是一种广泛使用的高级编程语言,属于通用型编程语言。作为一种解释型语言,Python的设计哲学强调代码的可读性和简洁的语法。相比于C++或Java,Python让开发者能够用更少的代码表达想法。不管是小型还是大型程序,该语言都试图让程序的结构清晰明了。

提名词

Python语言作者,Guido van Rossum:生于荷兰哈勒姆,计算机程序员,为Python程序设计语言的最初设计者及主要架构师。

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第八名、C语言

颁奖词

C是一种通用的编程语言,广泛用于系统软件与应用软件的开发。C语言具有高效、灵活、功能丰富、表达力强和较高的可移植性等特点。C语言编译器普遍存在于各种不同的操作系统中,例如Microsoft Windows、macOS、Linux、Unix等。C语言的设计影响了众多后来的编程语言,例如C++、Objective-C、Java、C#等。

提名词

C语言作者,Dennis MacAlistair Ritchie:美国计算机科学家。黑客圈子通常称他为“dmr”。他是C语言的创造者、Unix操作系统的关键开发者,对计算机领域产生了深远影响,并与肯·汤普逊同为1983年图灵奖得主。

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第七名、Go

颁奖词

Go(又称Golang)是Google开发的一种静态强类型、编译型、并发型,并具有垃圾回收功能的编程语言。Go的语法接近C语言,但对于变量的声明有所不同。Go支持垃圾回收功能。

提名词

Go语言作者,Robert C. Pike:来自加拿大的程序员,曾经加入贝尔实验室,为 UNIX小组的成员。他与肯·汤普逊共同开发了UTF-8。目前为 google的工程师,参与编程语言 Go与Sawzall的研发工作。

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第六名、JavaScript

颁奖词

JavaScript,通常缩写为JS,是一种高级的,解释执行的编程语言。JavaScript是一门基于原型、函数先行的语言,是一门多范式的语言,它支持面向对象编程,命令式编程,以及函数式编程。它已经由ECMA(欧洲计算机制造商协会)通过ECMAScript实现语言的标准化。它被世界上的绝大多数网站所使用,也被世界主流浏览器(Chrome、IE、Firefox、Safari、Opera)支持。

提名词

JavaScript语言作者,Brendan Eich:美国程序员与企业家,JavaScript主要创造者与架构师,曾任Mozilla公司的首席技术官,并曾短暂担任首席执行官。

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第五名、Objective-C

颁奖词

Objective-C是一种通用、高级、面向对象的编程语言。它扩展了标准的ANSI C编程语言,将Smalltalk式的消息传递机制加入到ANSI C中。目前主要支持的编译器有GCC和Clang(采用LLVM作为后端)。

提名词

Objective-C作者,Brad Cox:美国计算机科学家。于傅尔曼大学主修化学与数学,于芝加哥大学取得数学生物学博士学位。Objective-C主要作者。

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第四名、PHP

颁奖词

PHP(全称:PHP:Hypertext Preprocessor,即“PHP:超文本预处理器”)是开源的通用计算机脚本语言,尤其适用于网络开发并可嵌入HTML中使用。PHP的语法借鉴吸收C语言、Java和Perl等流行计算机语言的特点,易于一般程序员学习。PHP的主要目标是允许网络开发人员快速编写动态页面,但PHP也被用于其他很多领域。

提名词

PHP语言作者,Rasmus Lerdorf:出生于格陵兰岛凯凯塔苏瓦克,是一个丹麦程序员,他拥有加拿大国籍。他也是编程语言PHP的创始人,其中PHP的头两个版本是由他编写的,后来他也参与PHP后续版本的开发。

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第三名、Java

颁奖词

Java是一种广泛使用的计算机编程语言,拥有跨平台、面向对象、泛型编程的特性,广泛应用于企业级Web应用开发和移动应用开发。Java编程语言是个简单、面向对象、分布式、解释性、健壮、安全与系统无关、可移植、高性能、多线程和动态的语言。

提名词

Java语言作者,James Gosling:出生于加拿大,软件专家,Java编程语言的共同创始人之一,一般公认他为“Java之父”。

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第二名、C++

颁奖词

C++是一种使用广泛的计算机程序设计语言。它是一种通用程序设计语言,支持多重编程模式,例如过程化程序设计、数据抽象、面向对象程序设计、泛型程序设计和设计模式等。

提名词

C++语言作者,Bjarne Stroustrup:生于丹麦奥胡斯郡,计算机科学家。他以创造C++编程语言而闻名,被称为“C++之父”。

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第一名、Visual Basic .NET

颁奖词

Visual Basic .NET(VB.NET)是.NET Framework框架下的一种多重编程范式高级语言。Visual Basic .NET属Basic系语言,其语法特点是以极具亲和力的英文单词为基础标识,以及与自然语言极其相近的逻辑表达,有时候你会觉得写VB.NET代码就好像在写英文句子一样,从这个角度来说,VB.NET似乎是最高级的一门编程语言,当然在Basic系语言中VB.NET也确实是迄今为止最强大的一门编程语言。

提名词

Visual Basic .NET作者,Alan Cooper:交互设计的提倡者。库珀有些时候被叫做 Visual Basic 之父,虽然大多数的工作是由微软的内部开发团队完成的,但是对于Windows可视化设计工具的创意是来源于库珀的。

R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法:

org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型

keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型

columns() :类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致

select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函数enrichGO()进行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:

举例:


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