go分析作图r语言 r语言igraph画图
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题
前面我给大家详细介绍过
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☞GO简介及GO富集结果解读
☞四种GO富集柱形图、气泡图解读
☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图
☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图
☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
☞ GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结碰侍所在。
dotplot这个函数,多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下笑咐吵这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。
是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道
同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。
关于如何使用R做GO和简闭KEGG富集分析,可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle
查看GOplot内示例数据的格式,对自己的数据做处理
观察结论:
观察自己的两个数据表:
table.legend 设置为T时会显示表格
本圆族图中表格和隐扰图例是出图后灶腔旦剪切拼合而成,没有用R中的拼图包
转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图
当富集分析完成,拿到如下的分析结果后,就可以进行作图了。
富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图,但是公司默认出图实在是太丑,所以还是自己动手修改修改。
一、常规柱状图(ggplot2)
横轴为gene counts,或者用-logP也行,填充相应的用P值或者gene counts。ggplot画图的好处就是可以进行很多调整。
二、常规气泡图(ggplot2)
气泡图与柱状图碰春如出一辙,只是在展示方式上出现了差别。一个用geom_bar()函数,气泡图类似于散点图用geom_point()函数。
三、上下调同时展示(ggplot2)
很多时候研究者拿到差异基因后,上下调基因是分别富集的,在展示上需要同时体现二者,我们之前提到metascape可以做到: 转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具 ,除此之外,之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果: 复现《nature communications》图表(四):ggplot画多组富集气泡图 。这里我们继续提供一种bar图的展颤吵租示方式。将茄兆down的数值调整为负,做一列分组,就可以展示了。
当然了,以上所说的可视化还是比较常规,在基础上可以自己做调整。也有一些文章总是标新立意,有很多奇特的展现方式,我们会在之后的系列中讲解。
R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
ID转换用到竖蔽的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法:
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型耐拿
columns() :类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析余亩州,enrichGO()的使用方法:
举例:
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