r语言画go注释条形图 r语言 注释
如何给基因组所有的基因做GO和KEGG注释
1、首先打开KEGG搜索界面,如下图。Search against输入hsa,PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”,在“Enter objects one per line followed by bgcolor, fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”。
成都创新互联-专业网站定制、快速模板网站建设、高性价比盐山网站开发、企业建站全套包干低至880元,成熟完善的模板库,直接使用。一站式盐山网站制作公司更省心,省钱,快速模板网站建设找我们,业务覆盖盐山地区。费用合理售后完善,10余年实体公司更值得信赖。
2、这个需要专业数据库,建议同佳学基因联系,商讨合作事宜。
3、基因注释主要基于蛋白序列比对。 将基因的序列与各数据库进行比对, 得到对应的功能 注释信息。
R语言GEO数据挖掘:步骤四:富集分析KEGG,GO
3 GO富集分析 加载了注释库之后,读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。
前景基因:指的是我们所要进行富集的基因,一般是基因的ID 背景基因:指的是前景基因在某个基因集合进行富集,这个基因集合就是背景基因 描述信息:每个GO的Term的属性,或者是每个KO号或者map号的属性。
安装clusterProfiler:对于没有转换的gene ID,clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID:可以看到,这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。
把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道 同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。
scale_y_discrete则调节label过长的情况,让图片看起来 更美观。3)检查结果,可见geneID展示为gene symbol。(1)在enrichGO函数中,设置readable = TRUE;(2)用setReadable函数,对GO或者KEGG结果进行转化即可。
例如,讨论这些差异基因主要映射到哪些GO或KEGG分类条目中,以说明基因表达的改变会导致哪些调控途径原有功能失调,进而与表型联系起来。通常称这种分析为GO、KEGG富集分析。
查找GSE及对应GPL平台,注释包信息后还能画个热图
一个GSE下如果存在多个GPL测序,筛选特定的GPL数据;GSE会有多个列表 gset[[idx]]2 Converting GDS to an ExpressionSet 3 Converting GDS to an MAList ExpressionSet不包含注释信息, getGEO 可以帮助我们获取。
当前名称:r语言画go注释条形图 r语言 注释
URL分享:http://myzitong.com/article/deocddg.html