GO数据库介绍（转载）

类似于语义网络。是为了生物界有一个统一的数据交流语言。 因为在生物学界，存在在种种同名异义、异议同名的现象。为此产生了GO项目。

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GO是用一套统一的词汇表来描述生物学中的分子功能、生物过程和细胞成分。其思想大概过程：对于一个基因产品（蛋白质或RNA），用某些词汇来描述它是干什么的或位于细胞哪里、或者参与了哪个生物过程，而这些词汇就是来自GO的Term。

（1）提供生物学功能（术语）的逻辑结构及其相互之间的关系，表现为有向无环图

（2）给特定的基因产物（蛋白质，非编码RNA或大分子复合体，简称为'基因'）起一个特定的名字（唯一标识该基因）

Gene Ontology（GO）中最基本的概念是term。GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记，形如GO:nnnnnnn，还有一个term名，比如"cell", "fibroblast growth factor receptor binding"，或者"signal transduction"。每个term都属于一个ontology，总共有三个ontology，它们分别是

细胞成分：细胞的部分或其细胞外环境;

分子功能：基因产物在分子水平上的元素活性，例如结合或催化;

生物过程：具有确定开始和结束的分子事件的操作或集合，与综合生活单元的功能有关

理由一：

在基因表达谱分析中，GO常用于提供基因功能分类标签和基因功能研究的背景知识。利用GO的知识体系和结构特点，旨在发掘与基因差异表达现象关联的单个特征基因功能类或多个特征功能类的组合。

根据GO的知识体系，使用“功能类”（或者叫做“功能模块”）这一概念具有以下优点：我们认为，单个基因的表达情况的改变不足以反映特定功能/通路的整体变化情况。因为类似人类社会的组织结构，生物体的功能的实现决不仅仅是依靠一两个基因功能的改变来实现的。因此过分着重单个基因表达变化，将会在后期结果处理中严重干扰对于结果的合理分析，导致偏倚性加大，而且是无法避免的。因此利用GO的结构体系，把参与同样功能/通路的基因进行“功能类”层面的抽象和整合，提供比基因更高一层次的抽象结论，对理解疾病的发病机制或药物的作用机理等更有帮助。

但是该方法也存在一定的不足，由于生物体内部的调控网络可能具有“scale-free network”的特点，个别功能重要的基因（主效基因）具有“Hub节点”的重要特性，它的功能改变可能对于整个网络来说是至关重要的，在这点上，这些重要的基因又具有一定的“自私独裁”特点。而“功能类”之观点模糊了这种差别特性，过于强调“共性”，而忽视了“个性”，这也是“功能类”的一个不足之处，这就需要结合相关的生物学知识才能够实现

理由二：

GO（gene ontology）对大家而言也许会是一个相对陌生的名词，但是它已经成为生物信息领域中一个极为重要的方法和工具，并正在逐步改变着我们对 biological data的组织和理解方式，它的存在已经大大加快了我们对所拥有的生物数据的整合和利用，我们应该逐步学会理解和掌握这种思想和工具。

众所周知，sequence based biology中的核心内容即是对序列的Annotation（注释），其中主要包含structural annotation和functional annotation，前者涉及分析sequence在genome中的locus以及exon，intron，promoter等的location，而后者则是推断序列编码产物的功能

随着多种生物genome的相继解码，同时大量ESTs以及gene expression profile date的积累，使得annotation的工作量和复杂度大大增加。然而另一方面，大多数基因在不同真核生物中拥有共同的主要生物功能，通过在某些物种中获得的基因或者蛋白质（shared protein）的生物学信息，可以用以解释其他物种中对应的基因或蛋白（especially in comparative genomics）。由于这些繁复的功能信息主要是包含在积累的文献之中，如何有效的提取和综合这些信息就是我们面临的核心困难，这也是GO所要着力解决的问题。通过建立一套具有动态形式的控制字集（controlled vocabulary），来解释真核基因及蛋白在细胞内所扮演的角色，并随着生命科学研究的进步，不断积累和更新。一个ontology会被一个控制字集来描述并给予一定的名称，通过制定“本体”ontologies并运用统计学方法及自然语言处理技术，可以实现知识管理的专家系统控制

总结：

Gene Ontology（GO）包含了基因参与的生物过程，所处的细胞位置，发挥的分子功能三方面功能信息，并将概念粗细不同的功能概念组织成DAG（有向无环图）的结构。

Gene Ontology是一个使用有控制的词汇表和严格定义的概念关系，以有向无环图的形式统一表示各物种的基因功能分类体系，从而较全面地概括了基因的功能信息，纠正了传统功能分类体系中常见的维度混淆问题。

在基因表达谱分析中，GO常用于提供基因功能分类标签和基因功能研究的背景知识。利用GO的知识体系和结构特点，旨在发掘与基因差异表达现象关联的单个特征基因功能类或多个特征功能类的组合。

原文：

佩珀代因大学法学院实力强吗？美国西北大学数据科学硕士课程设置怎么样？

佩珀代因大学法学院实力雄厚吗？

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美国西北大学数据科学研究生课程设定

工程项目的课程设定还是比较走心的，一共12门课程，包含6门关键课程、1门数据库管理课程、4门职业方向课程，以及一个大学毕业新项目。关键课程：面对数据科学家里的数学课、R语言、应用统计学、数据科学与企业战略转型、数据库管理与数据准备、好用机器学习算法、管理决策分析,

分析与模型方位课程：用以监督式学习的大数据挖掘、用以非监督式学习的大数据挖掘、时间序列分析分析及预测分析、用以数据科学的Python分析管理方向课程：面对技术性领导者的会计和金融、商业服务领导干部与沟通交流、工作流程分析、企业咨询管理

人工智能方向课程：自然语言理解、人工智能深度神经网络、监督学习方法、用以数据科学的Python数据信息课程方位课程：数据工程基本、分析应用软件工程项目、工作流程分析、Go语言数据工程进一步了解美国大学的专业，口碑推荐托普仕留学技术性创业的机会课程：技术创业、面对技术性领导者的会计和金融、工作流程分析、企业咨询管理

最难的开发语言

第十名、R语言

R语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R基于S语言的一个GNU计划项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。R的语法是来自Scheme。

提名词

R语言作者，George Ross Ihaka：在奥克兰大学统计系任副教授，是R语言的最初作者。

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第九名、Python

颁奖词

Python是一种广泛使用的高级编程语言，属于通用型编程语言。作为一种解释型语言，Python的设计哲学强调代码的可读性和简洁的语法。相比于C++或Java，Python让开发者能够用更少的代码表达想法。不管是小型还是大型程序，该语言都试图让程序的结构清晰明了。

提名词

Python语言作者，Guido van Rossum：生于荷兰哈勒姆，计算机程序员，为Python程序设计语言的最初设计者及主要架构师。

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第八名、C语言

颁奖词

C是一种通用的编程语言，广泛用于系统软件与应用软件的开发。C语言具有高效、灵活、功能丰富、表达力强和较高的可移植性等特点。C语言编译器普遍存在于各种不同的操作系统中，例如Microsoft Windows、macOS、Linux、Unix等。C语言的设计影响了众多后来的编程语言，例如C++、Objective-C、Java、C#等。

提名词

C语言作者，Dennis MacAlistair Ritchie：美国计算机科学家。黑客圈子通常称他为“dmr”。他是C语言的创造者、Unix操作系统的关键开发者，对计算机领域产生了深远影响，并与肯·汤普逊同为1983年图灵奖得主。

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第七名、Go

颁奖词

Go（又称Golang）是Google开发的一种静态强类型、编译型、并发型，并具有垃圾回收功能的编程语言。Go的语法接近C语言，但对于变量的声明有所不同。Go支持垃圾回收功能。

提名词

Go语言作者，Robert C. Pike：来自加拿大的程序员，曾经加入贝尔实验室，为 UNIX小组的成员。他与肯·汤普逊共同开发了UTF-8。目前为 google的工程师，参与编程语言 Go与Sawzall的研发工作。

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第六名、JavaScript

颁奖词

JavaScript，通常缩写为JS，是一种高级的，解释执行的编程语言。JavaScript是一门基于原型、函数先行的语言，是一门多范式的语言，它支持面向对象编程，命令式编程，以及函数式编程。它已经由ECMA（欧洲计算机制造商协会）通过ECMAScript实现语言的标准化。它被世界上的绝大多数网站所使用，也被世界主流浏览器（Chrome、IE、Firefox、Safari、Opera）支持。

提名词

JavaScript语言作者，Brendan Eich：美国程序员与企业家，JavaScript主要创造者与架构师，曾任Mozilla公司的首席技术官，并曾短暂担任首席执行官。

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第五名、Objective-C

颁奖词

Objective-C是一种通用、高级、面向对象的编程语言。它扩展了标准的ANSI C编程语言，将Smalltalk式的消息传递机制加入到ANSI C中。目前主要支持的编译器有GCC和Clang（采用LLVM作为后端）。

提名词

Objective-C作者，Brad Cox：美国计算机科学家。于傅尔曼大学主修化学与数学，于芝加哥大学取得数学生物学博士学位。Objective-C主要作者。

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第四名、PHP

颁奖词

PHP（全称：PHP：Hypertext Preprocessor，即“PHP：超文本预处理器”）是开源的通用计算机脚本语言，尤其适用于网络开发并可嵌入HTML中使用。PHP的语法借鉴吸收C语言、Java和Perl等流行计算机语言的特点，易于一般程序员学习。PHP的主要目标是允许网络开发人员快速编写动态页面，但PHP也被用于其他很多领域。

提名词

PHP语言作者，Rasmus Lerdorf：出生于格陵兰岛凯凯塔苏瓦克，是一个丹麦程序员，他拥有加拿大国籍。他也是编程语言PHP的创始人，其中PHP的头两个版本是由他编写的，后来他也参与PHP后续版本的开发。

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第三名、Java

颁奖词

Java是一种广泛使用的计算机编程语言，拥有跨平台、面向对象、泛型编程的特性，广泛应用于企业级Web应用开发和移动应用开发。Java编程语言是个简单、面向对象、分布式、解释性、健壮、安全与系统无关、可移植、高性能、多线程和动态的语言。

提名词

Java语言作者，James Gosling：出生于加拿大，软件专家，Java编程语言的共同创始人之一，一般公认他为“Java之父”。

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第二名、C++

颁奖词

C++是一种使用广泛的计算机程序设计语言。它是一种通用程序设计语言，支持多重编程模式，例如过程化程序设计、数据抽象、面向对象程序设计、泛型程序设计和设计模式等。

提名词

C++语言作者，Bjarne Stroustrup：生于丹麦奥胡斯郡，计算机科学家。他以创造C++编程语言而闻名，被称为“C++之父”。

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第一名、Visual Basic .NET

颁奖词

Visual Basic .NET（VB.NET）是.NET Framework框架下的一种多重编程范式高级语言。Visual Basic .NET属Basic系语言，其语法特点是以极具亲和力的英文单词为基础标识，以及与自然语言极其相近的逻辑表达，有时候你会觉得写VB.NET代码就好像在写英文句子一样，从这个角度来说，VB.NET似乎是最高级的一门编程语言，当然在Basic系语言中VB.NET也确实是迄今为止最强大的一门编程语言。

提名词

Visual Basic .NET作者，Alan Cooper：交互设计的提倡者。库珀有些时候被叫做 Visual Basic 之父，虽然大多数的工作是由微软的内部开发团队完成的，但是对于Windows可视化设计工具的创意是来源于库珀的。

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