linux上的并行软件ParaFly怎么用

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很多时候生信工作者处理多个文件，对每个文件做的操作都是一样的，这个时候，写一个for循环串行处理可能就行了。但有时候串行操作耗时较久，例如做个bwa mem比对，如果一个一个文件处理，时间就是累加的。

一般我们都是在服务器上跑任务，服务器都是多核心多线程的，再不济也是自己的多核多线程笔记本，其实可以让任务并行的跑起来。

例如使用htop查看，下面是40核的服务器，空闲的核需要的时候利用起来比较好，省时省力：

linux上的并行软件ParaFly怎么用

今天给大家介绍一个很好用的小工具ParaFly，只需要很简单的操作就可以让linux上的任务并行化。

linux上的并行软件ParaFly怎么用

首先使用anconda3安装ParaFly，

$ conda install -c bioconda parafly

查看一下怎么用：

$ ParaFly -h
############################################################ Usage: ParaFly (opts)## Required: #   -c               :filename containing list of bash-style commands to execute.#   -CPU             :number_of_threads## Optional:#   -shuffle              :randomly shuffles the command order. #   -failed_cmds     :filename to capture failed commands.  default("FailedCommands")#   -v                    :simple progress monitoring.#   -vv                   :increased verbosity in progress monitoring.###########################################################
Note: This process creates a file named based >with a .completed extension.This enables a resume functionality, where if rerun, only those commands not completed successfully will be reprocessed.

可以看出必须参数（Required）只有2个，说明这个工具使用起来非常简单。事实上，只需要把需要操作的命令写在一个文件里面，使用-c指定这个文件，-CPU指定并行的总核数（需要同时执行几条命令）即可。

默认成功执行的命令，对应的命令行会输出到文件名加.completed后缀的文件，没有成功执行的命令会输出到FailedCommands文件。

ParaFly: Simple parallel unix command processing using OpenMPParaFly provides a simple mechanism for running a predefined list of unix commands in parallel using multithreading. Failed processes are captured and reported. Successfully executed processes are noted. If the process is rerun, >or failed processes will be executed.

简单举个例子：

fastq-dump拆分三个SRA文件，可以把这三条命令写到fastq_dump.txt文件里面：

$ cat fastq_dump.txtfastq-dump --split-3 SRR1510125.1fastq-dump --split-3 SRR1004284.1fastq-dump --split-3 SRR1004285.1

之后使用ParaFly并行化：

$ ParaFly -c fastq_dump.txt -CPU 3

服务器会同时用三个核分别来运行这三条命令，ParaFly结果文件：

$ cat fastq_dump.txt.completedfastq-dump --split-3 SRR1004285.1fastq-dump --split-3 SRR1004284.1fastq-dump --split-3 SRR1510125.1

总体来看ParaFly方便易学，比linux自带的parallel更易上手，大家在linux上做多任务处理时可以考虑加入它的使用，会大大的缩短数据处理时间。

关于linux上的并行软件ParaFly怎么用就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，可以学到更多知识。如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到。

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