r语言怎么实现LM模型+数值+因子协变量
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1. 协变量文件整理
第一列为FID 第二列为ID 第三列以后为协变量(注意,只能是数字,不能是字符!)
这里协变量文件为:
[dengfei@ny 03_linear_cov]$ head cov.txt
1061 1061 F 3
1062 1062 M 3
1063 1063 F 3
1064 1064 F 3
1065 1065 F 3
1066 1066 F 3
1067 1067 F 3
1068 1068 M 3
1069 1069 M 3
1070 1070 M 3
这里,首先将F换为1,M换为2,将其转化为连续变量(数字) 然后,将世代变为虚拟变量 最后,将两个协变量整合到一起
sed 's/F/1/g' cov.txt >cov2.txt
sed -i 's/M/2/g' cov2.txt
2. 使用plink的dummy coding转化为虚拟变量
plink --file b --covar cov2.txt --write-covar --dummy-coding
结果生成:
plink.cov
「注意:」这里的性别虽然是因子,但是其只有两个水平,也可以将作为连续的变量,计算方法是一样的。如果是三个水平的因子,就不能直接转化为变量了。
5 进行协变量GWAS分析LM模型
「代码:」
plink --file b --pheno phe.txt --allow-no-sex --linear --covar plink.cov --out re --hide-covar
「日志:」
PLINK v1.90b5.3 64-bit (21 Feb 2018) www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2018 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3
Logging to re.log.
Options in effect:
--allow-no-sex
--covar plink.cov
--file b
--hide-covar
--linear
--out re
--pheno phe.txt
Note: --hide-covar flag deprecated. Use e.g. '--linear hide-covar'.
515199 MB RAM detected; reserving 257599 MB for main workspace.
.ped scan complete (for binary autoconversion).
Performing single-pass .bed write (10000 variants, 1500 people).
--file: re-temporary.bed + re-temporary.bim + re-temporary.fam written.
10000 variants loaded from .bim file.
1500 people (0 males, 0 females, 1500 ambiguous) loaded from .fam.
Ambiguous sex IDs written to re.nosex .
1500 phenotype values present after --pheno.
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
--covar: 3 covariates loaded.
Before main variant filters, 1500 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
10000 variants and 1500 people pass filters and QC.
Phenotype data is quantitative.
Writing linear model association results to re.assoc.linear ... done.
「结果文件:」re.assoc.linear
「结果预览:」
4. 使用R语言进行结果比较lm+factor
library(data.table)
geno = fread("c.raw")
geno[1:10,1:10]
phe = fread("phe.txt")
cov = fread("cov.txt")
plink = fread("plink.cov")
dd = data.frame(phe = phe$V3,cov1 = plink$COV1,cov2 = plink$COV2_4,cov3=plink$COV2_5,geno[,7:20])
head(dd)
mod_M7 = lm(phe ~ cov1+cov2+cov3 + M7_1,data=dd);summary(mod_M7)
「M7加上因子协变量结果:」
「这里,我们可以测试一下:」将性别由数字,变为因子,可以发现结果是一样的:
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当前题目:r语言怎么实现LM模型+数值+因子协变量
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