Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

linux查看较长或较短的纯文本文件使用哪些命令

在命令行里显示文本文件内容：

cat：在命令行里显示文本文件内容，可以滚屏的（但是不方便把内容输出到其他文件，所以一般脚本内部都用cat，less可以在调用脚本的时候用）。

less：在命令行里编辑文本文件。

vi：在图形界面打开文本文件。

gedit，kate等等：在图形界面打开任意文件或者url（gnome）。

命令作用

grep、fgrep和egrep命令这组命令以指定模式搜索文件，并通知用户在什么文件中搜索到与指定的模式匹配的字符串，并打印出所有包含该字符串的文本行，在该文本行的最前面是该行所在的文件名。grep命令一次只能搜索一个指定的模式；egrep命令检索扩展的正则表达式（包括表达式组和可选项）；fgrep命令检索固定字符串，它不识别正则表达式，是快速搜索命令。

linux 命令行下如何查看文件内容

linux 命令行中cat命令可以直接打开我们想要查看的文件内容。比如part1.txt文件是一首诗词，可以用此命令：[lichao@localhost test]$ cat part1.txt

扩展资料：

linux 命令行中查看文件类型：

file是一个非常便捷的命令，用它可以探测文件的字符编码。如下我们创建了两个文件

[lichao@localhost test]$ ls -l

total 288

-rw-rw-r--. 1 lichao lichao      4 Aug 24 15:31 abc.txt

-rw-rw-r--. 1 lichao lichao 285310 Aug 24 15:26 all.txt

通过file命令来查看下文件的字符集编码：

[lichao@localhost test]$ file abc.txt 

abc.txt: ASCII text

[lichao@localhost test]$ file all.txt

all.txt: UTF-8 Unicode text, with CRLF, CR, LF line terminators

[lichao@localhost test]$

其中 abc.txt 是 ASCII 编码，而 all.txt 是 UTF-8 编码，这有助于我们在打开含有中文的文件时，定位出现乱码的原因。

linux查找内容命令

find，用于在文件树中查找文件并作相应的处理

-name：按照文件名查找文件

-perm：按照文件权限查找文件

-user：按照文件属主来查找文件

-size：按照指定的文件大小查找文件【+n：大于，-n：小于，n：等于】

-group：按照文件所属的组来查找文件

-mtime-n+n：按照文件更改时间来查找文件，-n表示n天之内，+n表示n天以前

-newer file1 file2：查找更改时间在file1和file2之间的文件

例如：

find -mtime -2：查找48小时修改过的文件

find -name ".log"：查找当前目录以".log"结尾的文件

find /opt/soft/test -perm 777：查找指定目录下权限为777的文件

find -type f -name "*.log"：查找当前目录下以".log"结尾的普通文件

find -type d | sort：查找当前所有目标目录并排序

find /home/wansw -size +20M：查找大于20M的文件

locate指令，可以快速定位文件路径，利用事先建立的系统中的所有文件名称和路径的locate数据库，无需遍历整个文件系统，查询速度较快，为了保证查询准确性，需要定期更新。《Linux就该这么学》

updatedb：第一次运行前，创建locate数据库

grep，用于过滤/搜索指定字符串。可以使用正则表达式，能配合多种命令使用。

用法：grep 【选项】 查找内容 源文件

-A：显示符合的行及之后的内容

-B：显示符合的行及之前的内容

-C：显示符合的行及前后的内容

-c：计算符合的行数目

-n：显示匹配行和行号

-i：忽略大小写

规则表达式

：'grep'表示匹配所有以grep开头的行

'表示匹配所有以grep结尾的行

.：'gr.p'表示匹配'gr'后面接任意字符然后是'p'

：'grep'表示匹配一个或多个空格后紧跟grep的行

[]：[Gg]rep表示匹配Grep与grep

[]：[A-FH-Z]rep表示匹配不以A-F、H-Z开头并紧跟rep的行

例如（grep命令大多数时候多要和别的命令一起使用才有意义）：

ps -ef | grep -c SVN：查找指定的进程的个数

cat test.txt | grep -f test2.txt：从text2.txt中读取关键字后在test.txt中搜索

cat test.txt | grep nf text2.txt：从text2.txt中读取关键字后在text.txt中搜索并显示行号

grep 'linux' text.txt test2.txt：从多个文件中搜索关键字'linux'

cat test.txt | grep -E 'ed|at'：显示包含ed或at的行

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