肿瘤分析中的OncoMap指的是什么，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。

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在浏览CCLE中的数据时，看到了如下的突变检测结果文件

这里的Oncomap究竟是什么呢？查询了很多结果之后发现，OncoMap其实是一种肿瘤体细胞突变检测平台，该技术最早在2009年由Laura E. MacConaill等提出，相关的文章标题如下

Profiling Critical Cancer Gene Mutations in Clinical
Tumor Samples

文章链接如下

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2774511/pdf/PCD63A109.pdf

在当时NGS技术还没有大规模应用到突变检测领域，也没有各种成熟的体细胞突变检测算法，基本上都是针对某一个基因上体细胞突变进行鉴定和分析。为了更好的开展肿瘤体细胞突变的研究，作者提出了一种检测肿瘤样本mutation profile的方法，示意图如下

大致分为以下几个步骤

1. 从新鲜冻存或者石蜡包埋的肿瘤组织中提取出DNA，通过质谱仪得到质谱图

2. 基于质谱图， 算法自动识别突变位点的的分型结果

3. 人工校验，得到高可信度的突变谱

其核心是根据已知的突变位点设计芯片，在最初版本，即v1版本中，包含了来自33个肿瘤基因共460个突变位点，这项技术就称之为oncomap, 在当时算得上是一种高通量的分型技术了，很多文章都应用该技术来研究肿瘤中的突变情况，比如下面这篇文章

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5266405/

OncoMap从发明以来，不断改进，目前已经升级到了v4版本，CCLE数据库中的分型结果是基于v3的，CCLE_Oncomap3_Assays_2012-04-09.csv文件中内容如下

列数很多，这里只截取了部分，每一行代表一个突变位点，第二列的方向代表了芯片检测位点和突变位点的方向，F表示两个位点的方向相同，位于同一条链上，R表示两个位点的方向相反，位于反向互补链上，其他列记录了该突变位点对应的基因，转录本，蛋白等信息。Oncomap可以看做是一个panel,针对已知的突变位点进行设计，和芯片类似。

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文章题目：肿瘤分析中的OncoMap指的是什么
文章分享：http://myzitong.com/article/ijpiog.html