HPA是什么数据库

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HPA全称是Human Protein Atls, 利用转录组学和蛋白质组学技术,从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达情况,网址如下

https://www.proteinatlas.org/

根据32个不同组织中蛋白编码基因的RNA_seq数据,将基因进行了分类,结果如下所示

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鉴于分泌蛋白,膜相关蛋白在病理生理学中的重要作用,将蛋白划分了下图所示的不同类别进行研究

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通过不同组织中的RNA_seq数据,分析了蛋白编码基因在不同组织中的富集情况,如下所示

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可以看到在脑组织中,膜香瓜蛋白较多,而在肺中,分泌蛋白较多。除了对不同组织/细胞中的蛋白表达进行比较分析,还进一步研究了不同肿瘤中蛋白的表达情况。

在HPA中,又进一步划分成了以下3个子类

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1. The  Tissus Atlas

用于查看和分析蛋白编码基因在不同组织和器官中的表达情况,以MYL7为例,链接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000106631-MYL7/tissue
结果示意如下

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2. The Cell Atlas

提供了蛋白编码基因在不同细胞系中的表达情况,同时还体用了对应的亚细胞定位信息,以CCNB1为例,链接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000134057-CCNB1/cell

结果示意如下

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3. The Pathology Atlas

提供了基因在肿瘤组织中的表达情况,以及生存分析,病理学图像等结果,以MK167为例,链接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000148773-MKI67/pathology

结果示意如下

HPA是什么数据库
HPA是什么数据库

通过HPA数据库,可以方便的探究蛋白编码基因在正常和肿瘤组织/器官中的表达情况。

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文章名称:HPA是什么数据库
本文来源:http://myzitong.com/article/jcppjp.html