融合基因数据库有哪些

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1. TICdb

TICdb数据库中收录了肿瘤相关的融合基因信息,网址如下

http://www.unav.es/genetica/TICdb/

融合基因数据库有哪些

该数据库中的每个融合基因都是有文献支持的,会给出对应的pubmed编号。

2. TCGA  tumor fusion

TCGA数据库收录了很多肿瘤相关的测序数据和分析结果,通过PRADA这款软件对TCGA中肿瘤的RNA-seq数据进行分析, 过滤和整理,就得到了一个可行度较高的融合基因列表,网址如下

http://www.tumorfusions.org/

融合基因数据库有哪些

由于是利用肿瘤样本进行的分析,所以每个融合基因都提供了对应的肿瘤信息。

3. COSMIC Fusion

在COSMIC数据库中,提供了一个人工整理的,有文献支持的融合基因列表,网址如下

https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/fusion

对于每个融合基因,都会给出对应的文献和相关的组织类型,示意如下

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4. ChimerDB

ChimerDB是一个综合性的融合基因数据库,即收录了有文献支持的融合基因,也包括了软件预测的融合基因,网址如下

http://203.255.191.229:8080/chimerdbv31/mindex.cdb

该数据库分成了3个子数据库,CHimerKB中包含的是来源于其他数据库,有文献证据支持的融合基因;ChimerPub是利用机器学习的算法从文章中检索预测的融合基因;ChimerSeq是利用TCGA的RNA-seq数据,用软件预测到的融合基因,示意如下

融合基因数据库有哪些

在现阶段的研究中,融合基因通常是作为疾病的特异性标记。该数据库免费下载,而且提供融合基因对应的疾病信息的注释。

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文章标题:融合基因数据库有哪些
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