如何理解Rfam数据库

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Rfam是一个RNA分类信息的数据库,根据多序列比对结果,二级结构的一致性,协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理,网址如下

http://rfam.xfam.org/

最新版本为14.0, 在Rfam数据库中,包括以下3大功能类型的分子

  1. ncRNA genes

  2. cis-regulatory elements

  3. self-splicing RNAs

进一步对其进行更为细致的划分,详细列表如下所示

如何理解Rfam数据库

在对这些数据进行分类时,提供了两个层次的分类,familyclan。对于family而言,其成员是上述各种类型的RNA;对于clan而言,其成员是各个family

通过官网的Browser功能,可以方便的浏览数据库中的内容

1. clan

每个clan采用CL开头的编号唯一识别,示意如下

如何理解Rfam数据库

以上图中的CL00051为例,包含了11个family, 详细信息如下

如何理解Rfam数据库

2. family

每个family采用RF开头的编号唯一识别,示意如下

如何理解Rfam数据库

以上图中的RF00005为例,该家族的名字为tRNA, 对应类型为Gene; tRNA, 该家族包含来自9934个物种的RNA分子,其中有三维结构信息的有536个。

对于多序列比对的信息,同时提供了seedfull两种,其中seed是手工整理的已知的该家族成员的多序列比对结果,而full是该家族所有成员序列的多序列比对结果。

3. genome

示意如下
如何理解Rfam数据库

human为例,可以看到对应的序列数和family个数

如何理解Rfam数据库

4.  sequence

每条序列以CM开头的编号唯一识别,示意如下

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CM000683.2对应的序列详情如下

如何理解Rfam数据库

通过FTP功能,可以下载该数据库中的内容,FTP链接如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam

如何理解Rfam数据库

数据库中不仅提供了fasta格式的序列信息,也提供了CM模型,通过infernal软件可以利用这些模型对RNA序列进行判断,从而分析RNA序列对应的family信息。

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新闻名称:如何理解Rfam数据库
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