这篇文章主要介绍GeneMark-ES软件有什么用，文中介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们一定要看完！

创新互联公司专注于工农企业网站建设,响应式网站设计,电子商务商城网站建设。工农网站建设公司,为工农等地区提供建站服务。全流程按需定制制作，专业设计，全程项目跟踪，创新互联公司专业和态度为您提供的服务

GeneMark-ES软件用于预测真核生物中的蛋白编码基因，和其他预测基因结构的软件不同，它采用的是非监督算法，可以不依赖训练集进行预测。官网如下

http://exon.biology.gatech.edu/GeneMark/gmes_instructions.html

安装过程如下：

wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_key_64.gz
wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_et_linux_64.tar.gz
tar xzvf gm_et_linux_64.tar.gz
gunzip gm_key_64.gz
cp ../../gm_key_64 ~/.gm_key

gm_key文件是软件的通行证，需要拷贝到家目录下，软件本身只需要解压缩就可以了。

基本用法如下

gmes_petap.pl --ES  --cores 10--sequence genome.fa

gmes_petap.pl本身整合了geneMark-ES和geneMark-ET两个功能，genemark-ES用于基因组数据的预测，geneMark-ET用于转录组数据的预测。

--ES表示采用genemark-ES算法，--cores指定并行的CPU个数，--sequence指定输入的fasta格式的序列。

对于真菌，有专门的参数，示例如下

gmes_petap.pl --fungus  --cores 10--sequence genome.fa

默认配置下，输出文件名为genemark.gtf, 保存在软件的安装目录，采用GTF格式来记录基因的结构信息。

以上是“GeneMark-ES软件有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！希望分享的内容对大家有帮助，更多相关知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道！

分享名称：GeneMark-ES软件有什么用
标题URL：http://myzitong.com/article/jopiee.html