这期内容当中小编将会给大家带来有关人和小鼠中的超级增强子数据库dbSUPER该怎么理解，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。

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dbSUPER是超级增强子数据库的开山之作，文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下

https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164/2502575

该数据库的网址如下

http://asntech.org/dbsuper/

收录了人和小鼠中的超级增强子信息，采用了两种策略来定义增强子

1. 从pubMed中收集已发表的，有文献支持的超级增强子

2. 利用从ENCODE, GEO等公共数据库中下载的H3K27ac chip_seq数据，采用MACS识别peak区域，将p小于10的负9次方的peak作为增强子区，然后采用ROSE这款软件来识别超级增强子区

对于human而言，基于hg19版本进行分析，共收录了来自102种不同细胞/组织共69205个超级增强子;对于mouse而言,基于mm9版本进行分析，共收录了来自25种不同细胞/组织共13029个超级增强子信息，图示如下

将超级增强子上下游50kb范围内存在的基因作为对应的靶基因，基于这种简单的策略来预测超级增强子的靶基因。整个数据库构建的pipeline示意如下

通过Browser菜单，可以浏览超级增强子数据，示意如下

点击超级增强子的ID,可以查看下列详细信息

1. 基本信息

2.  关联基因

3. 软件参数

4. 序列下载

5. 包含的增强子

除了基本的检索和浏览功能，该数据库还支持将超级增强子信息传递给其他在线工具，方便下游分析，示意如下

可以通过UCSC基因组浏览器查看超级增强子区的reads分布情况，也可以发送给Cistrom, GREAT进行下游分析。

该数据库只是提供了超级增强子区域的染色体位置等基本信息，缺乏对超级增强子区域内的其他基功能元件的注释。

上述就是小编为大家分享的人和小鼠中的超级增强子数据库dbSUPER该怎么理解了，如果刚好有类似的疑惑，不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道。

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文章起源：http://myzitong.com/article/pdoepc.html