python中调用R函数的方法是什么
小编给大家分享一下python中调用R函数的方法是什么,希望大家阅读完这篇文章后大所收获,下面让我们一起去探讨吧!
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如何在python中调用R?这其中包括了如何调用R的对象(函数和包),R和python的对象如何互相转换,以及如何调用R的脚本(外界参数的输入)。python提供了一个模块rpy2,可以较好地完成这项工作。
一、安装rpy2
rpy2的网址:http://rpy.sourceforge.net/index.html
可以使用easy_install安装,# easy_install rpy2
注意事项:
(1)如果是源代码编译安装R,需要在configure步骤加入后缀 --enable-R-shlib。
(2)需要安装python-devel包。
二、python调用R对象
1、使用rpy2.robjects包的r对象
调用方法如下,以下robject.r的调用方法实际上是开启了一个R的交互进程,只需要将R的代码写入一个字符串内(注1),接着调用R即可:
import rpy2.robjects as robjects
此时,有三种方法调用R对象:
第一种:robjects.r['pi']
第二种:robjects.r('pi')(这种方法从某种程度上讲是万能的,因为可以将任意大小和长度的R代码写成一个python字符串,之后通过robjects.r('Rcode')调用执行。)
第三种:robjects.r.pi(这种方法对于名称中有“点号”的变量会出问题,比如data.frame/read.csv等,所以推荐使用第一种方法)
以下是一个创建和使用R函数(自己创建的函数或者R内置函数)。注意:最后一种方法,对于对付一些特殊的格式很管用:
# creat an R function >>> robjects.r( ''' f <- function(r){pi * r} . ''' ) >>> robjects.r['f'](3) [9.424778] # internal function in R >>> robjects.r['ls']() # another internal function >>> l = robjects.r['letters'] >>> len(l) >>> robjects.r['paste'](l, collapse = '-') # an alternative way of getting 'paste' function in R # eval the R code >>> coder = 'paste(%s, collapse = "-")' % (l.r_repr()) >>> robjects.r(coder)
对于一些特殊的R对象比如list和matrix,如果python要调去其中的部分数据,可以通过其rx()和rx2()方法操作。对于list,可以查看其name属性,以获得列表个个元素名称。rx()和相当于"["操作(注意取出的是R的list对象),而rx2()相当于"[["操作。一个例子:
>>> tmp = r("list(a = matrix(1:10, nrow = 2), b = 'Hello')") >>> print tmp $a [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [1,] 1 3 5 7 9 [2,] 2 4 6 8 10 $b [1] "Hello" >>> tmp.names['a', 'b'] >>> tmp.rx('a') [Matrix] a: [ 1, 2, 3, ..., 8, 9, 10] >>> tmp.rx(1) [Matrix] a: [ 1, 2, 3, ..., 8, 9, 10] >>> tmp.rx2(1) [ 1, 2, 3, ..., 8, 9, 10] >>> tmp.rx2('a').rx(1, 1) # first element of 'a' [ 1] >>> tmp.rx2('a').rx(1, True) # first row of 'a' [ 1, 3, 5, 7, 9]
注意事项:
如果函数有警告(warnings),在ipython等IDE上能够执行,但是如果是脚本或者与网页服务器交互,则会产生错误。
解决办法:
(1)鲁莽的解决很简单,强行忽略R的警告,options(warn = -1)或者R代码放入函数中suppressWarnings()。
(2)第二种办法,如果是自己代码中使用了warning()函数,则将warning信息换成字符串,之后单独输出。
如果R的函数参数用到向量,有两种解决办法:
(1)使用robject.**Vector()函数(见下)先将python对象转换成R对象,然后带入函数;
(2)直接使用python对象,一个例子:
>>> from rpy2.robjects import r >>> a = r['matrix'](range(10), nrow = 2) >>> print a [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [1,] 0 2 4 6 8 [2,] 1 3 5 7 9
2、python对象转换成R对象
通常,可以将python的list对象,转换成为R的vector对象,之后直接使用R函数调用。相应的函数是robjects.StrVector()/robjects.IntVector()/robjects.FloatVector()/robjects.complexVector()/robjects.FactorVector()/robjects.BoolVector()/,这些函数将python列表转化成R的字符/整数/浮点/复数/因子/布尔向量。robjects.ListVector()将python的字典转换成R的列表。
具体转换可见http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/vector.html#creating-vectors
比如:
>>> testmatrix = robjects.IntVector([1, 2, 3, 4]) >>> robjects.r['matrix'](testmatrix, nrow = 2) # another dynamic arguments example >>> x = robjects.IntVector(range(10)) >>> y = robjects.r.rnorm(10) >>> kwargs = {'ylab': 'foo/bar', 'type': 'b', 'col': 'blue', 'log': 'x'} >>> robjects.r.plot(*args, **kwargs) >>>
注意事项:
使用vector系列函数时,输入的只能是python的列表,而不能是数字或者字符串。
3、载入和使用R包
使用rpy2.robjects.packages.importr对象,调用方法是
>>> from rpy2.robjects.packages import importr >>> base = importr('base') >>> stats = importr('stats') >>> affy = importr('affy') >>> stats.rnorm(10) 如果想引用一个包中的隐变量,也很简单,只要载入包,然后所有r命令化成成字符串,之后引用即可(这种方法是万能的),比如 >>> from rpy2.robjects.packages import importr >>> importr('hwriter') >>> a = r('hwriter:::hwrite.table(matrix(1:10, 2))') >>> print(a) [1] "
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4、导入R脚本
使用R的source函数:
from rpy2.robjects import r r.source('testrscript.r')
5、转换R对象为全局变量
因为使用函数robjects.globalenv()将对象转换成全局变量,特别是遇到python找不到一个R对象时(此时R对象可能通过r('Rcode')调用),留意将R对象转变成全局变量。
三、R对象转换成python对象
推荐使用tuple( )或者list( )函数,将R对象转换成tuple或者list。
>>> a = r('c(1, 2, 3)') >>> a[1.000000, 2.000000, 3.000000] >>> str(a) '[1] 1 2 3n' >>> tuple(a) (1.0, 2.0, 3.0) >>> list(a) [1.0, 2.0, 3.0] >>> b = r('matrix(1:6, 2, 3)') >>> b [1,2,3,4,5,6] >>> print b [,1] [,2] [,3] [1,] 1 3 5 [2,] 2 4 6 >>> tuple(b) (1, 2, 3, 4, 5, 6) >>> list(b)
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