如何进行单基因的tcga数据挖掘分析

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TCGA数据库关于食管癌的,分成ESCC和EAC,其中ESCC好发于中国人群,关心TCGA数据库里面的90个ESCC病人。

根据CCL2基因的表达量,可以把TCGA数据库里面的90个ESCC病人分成高低表达CCL2的两个组,然后可以差异分析,GSEA分析等等

这次的学徒作业是完成下面的4幅图:

  • eHeatmap of gene expression profiles of human ESCC cases (     n = 90) from TCGA database.
  • fPearson correlation analysis shows tight association of CCL2 with CCR2 and PD-1.
  • gGene set enrichment analysis (GSEA) between group high (     n = 52) and low (     n = 38) of CCL2 expression shows enriched pathways associated with PD-1 signaling.
  • hHeatmap shows that expression of PD-1 signaling pathway associated genes is correlated with CCL2 expression in human ESCC

如下图:

如何进行单基因的tcga数据挖掘分析


 

其中图f可以直接网页工具做出来,UCSC的xena浏览器,或者GEPIA2都可以,需求最大的是tcga数据库的生存分析和表达量差异。 

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新闻名称:如何进行单基因的tcga数据挖掘分析
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