FastTree软件有什么用

这篇文章将为大家详细讲解有关FastTree软件有什么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

成都创新互联公司-专业网站定制、快速模板网站建设、高性价比博湖网站开发、企业建站全套包干低至880元,成熟完善的模板库,直接使用。一站式博湖网站制作公司更省心,省钱,快速模板网站建设找我们,业务覆盖博湖地区。费用合理售后完善,10多年实体公司更值得信赖。

FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件,它最大的特点就是运行速度快,支持几百万条序列的建树任务。官方的说法是,对于大的比对数据集,FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官网如下

http://www.microbesonline.org/fasttree/

FastTree 支持核酸和蛋白的进化树构建,对于核酸,可选的替换模型包括以下几种

  1. JC

  2. GTR

默认的模型为JC。

对于蛋白质,可选的替换模型包括以下几种

  1. JTT

  2. LG

  3. WAG

默认的模型为JTT。

利用不同的测试数据集,比较了fastTree 不同替换模型和RAxML, PhyML 运行速度的差异。结果如下

FastTree软件有什么用

对于蛋白序列而言,FastTree 的运行速度比其他两款软件快了1000多倍,而且对于几万条序列的比对,其他两款软件的运行时间太久,超过了可以忍受的范围;对于核酸序列而言,默认的JC模型的速度最快, GTR模型速度少稍差一筹,其他两款软件同样运行速度慢的不行。

FastTree 除了运行速度快之外,准确度也令人满意,比较的结果如下

FastTree软件有什么用

对于几万条的核酸序列,只有FastTree, NJ, Clearcut 这3个软件有结果,而FastTree 的准确度是最高的,从此可以看出,对于几万条核酸序列的进化树分析,FastTree 是最佳选择之一;对于蛋白序列,在可以运行出结果的前提下,FastTree 的准确度相比RAxML, PhyML 都稍差一点。

综合运行速度和建树的准确性,FastTree 都是最佳的进化树构建软件之一。
我们可以直接从官网下载可执行文件

FastTree软件有什么用

FastTree要求输入的多序列比对结果为FASTA或者Phylip格式,对于蛋白质的进化树构建,基本用法如下

FastTree protein.fasta > tree

也可以选择LG或者WAG替换模型,用法如下

FastTree -lg protein.fasta > tree
FastTree -wag protein.fasta > tree

对于核酸序列,基本用法如下

FastTree -nt nucleotide.fasta > tree

也可以选择GTR替换模型,用法如下

FastTree -nt  -gtr nucleotide.fasta > tree

默认生成的tree 文件是 Newick格式, 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。

关于“FastTree软件有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。


当前名称:FastTree软件有什么用
当前地址:http://myzitong.com/article/ijspgj.html